Přelom tisíciletí: „zklidnění“ tunelem

V devadesátých letech byl v souladu s konceptem „auta pod zem“ i návrh přesunout nejfrekventovanější část magistrály do tunelu. Předpokládalo se, že tunel povede za Muzeem a Čelakovského sady a vyústí do Legerovy a Sokolské. Od roku 1995 do roku 2008 bylo zpracováno několik studií, které tento koncept postupně rozšiřovaly. Iniciativa Auto*Mat reagovala v roce 2009 vlastní studií kriticky hodnotící tento záměr.

Proti řešení s krátkými tunely se postavila zejména Praha 2, pro kterou by ponechání jediného „úzkého hrdla“ v okolí náměstí I. P. Pavlova mohlo být smrtící. Praha 2 prohlásila v rámci rétorické obrany za jedinou schůdnou „extrémní“ variantu s dlouhými tunely ústícími na Nuselský most, což odhalilo obrovskou finanční náročnost záměru (cena by se pohybovala přes 10 miliard Kč). Hlavní město Praha se k záměru stavělo od začátku trochu rozpačitě vzhledem k finanční náročnosti projektu. Primátor Pavel Bém a jeho radní pro dopravu jej ale považovali za potřebný a vyjednávali i jeho financování státem. Bém dokonce považuje tunely za Muzeem za žádoucí i v roce 2013, viz jeho blog.

Všechny tunelové návrhy musely projít posuzováním vlivu na životní prostředí (proces EIA). To trvalo až do jara 2013, kdy se došlo k závěru, že výstavba tunelů v jakékoliv variantě nepřinese pozitivní změnu.

Tento výsledek byl už jen tečkou za záměrem, který se ukázal jako slepá ulička. Snaha většiny zúčastněných byla tou dobou už několik let napřena k záměru humanizovat magistrálu ve své povrchové stopě. V lednu 2012 došlo podepsáním Iniciativy za humanizaci magistrály k historické shodě městských částí Praha 2, 4 a 7 v tom, že společně požadují povrchové zklidňování bez tunelů. V červnu 2013 zastupitelstvo Prahy zastavilo dokumentační přípravu tunelů definitivně.